درمان آتروفی بیضه، امکان پذیر است اما نتیجه بخشی آن منوط به تشخیص زودرس و روش درمانی مناسب است. شدت آن نیز در اثر بخشی درمان موثر واقع خواهد شد. تشخیص دیرهنگام بیماری سبب افزایش آسیب ها و کاهش احتمال بهبود بیمار می شود. تا جایی که شاید باروری وی را برای همیشه مختل کند. با توجه به شدت آتروفی، امکان برگشت بیماری پس از درمان نیز وجود دارد. مواردی که سبب کاهش نتیجه بخشی بیماری می شوند عبارتند از: بالا بودن سن، مصرف مشروبات الکلی، در معرض اشعه بودن، مصرف استروئیدها به شکل مزمن، ویروس زیکا، جایگزینی هورمون درمانی و عفونت سیستمیک حاصل از آبله مرغان و … .

با توجه به مواردی که گفته شد، برای درمان آتروفی ابتدا باید منشا و علت آن را درمان کرد. سپس اگر بیضه در طول این روند تغییری نکرده باشد، درمان های هورمونی و جراحی نیز در ادامه به کار گرفته می شوند. یکی از داروهای مورد استفاده در این بخش، گنادوتروپین کوریونی انسانی (hCG) می باشد. این دارو سلول های لیدیگ را تحریک می کند تا تستوسترون ترشح کنند. در این فرایند ابتدا غده ی هیپوفیز برای تولید هورمون لوتئین کننده تحریک می شود که این هورمون خود سلول لیدیگ را برای ترشح تحریک می کند. درمان با هورمون درمانی برای القای نزول بیضه ها و یا یافتن بیضه های غیر قابل لمس نیز به کار می رود. اما در صورت پیچ خوردگی بیضه (پیچ خوردن طناب اسپرماتیک و در نتیجه قطع جریان خون به بیضه) برای جلوگیری از بروز و درمان آتروفی باید از جراحی استفاده کرد