از نظر نوع و جنس مواد اولیه، سنگ کلیه را می توان به دسته های زیر تقسیم بندی کرد:

• سنگ کلیه ناشی از رسوب اگزالات کلسیم: در غالب موارد، زیاد بودن کلسیم باعث به وجود آمدن سنگ کلیه می شود. سنگهای کلسیمی به دلیل رسوب اُگزالات کلسیم تشکیل می شود. اگزالات در چای، شکلات، سویا، برخی سبزیجات مثل اسفناج و ریواس وجود دارد. البته به غیر از خوراکی ها، اگزالات به صورت طبیعی در کبد تولید می شود. گاهی اوقات هم جراحی روده و مصرف مقدار زیادی ویتامین د باعث افزایش غلظت اگزالات و کلسیم در بدن می شود.
  
  
• سنگ کلیه بر اثر رسوب فسفات کلسیم: گاهی اوقات زیاد بودن فسفات کلسیم باعث به وجود آمدن سنگ کلیه در انسان می شود. این سنگها هم جزو سنگهای کلسیمی هستند. با تغییر در سوخت و ساز بدن، خوردن داروهای ضدصرع و میگرنهای شدید، بدن در معرض تشکیل این مدل سنگ کلیه قرار می گیرد.
  
  
• سنگ کلیه با تجمع اسید اوریک: وقتی مایعات کمی به بدن فرد برسد، املاح نمی توانند از بدن خارج شوند و روی هم جمع می شوند. خوردن غذاهای سرشار از پروتئین هم باعث افزایش اسید اوریک خون می شود و با رسوب این ماده، سنگ کلیه اسید اوریکی به وجود می آید. افراد مبتلا به نقرس هم به دلیل بالا بودن اسید اوریک خونشان، در معرض ابتلا به این مدل سنگ کلیه هستند.
  
  
• سنگ کلیه بر اثر عفونت دستگاه ادراری: وقتی در دستگاه ادراری، عفونت به وجود می آید، سنگ کلیه تشکیل می شود. این سنگها، معمولا اندازه بزرگی دارند؛ اما علائم زیادی به همراه ندارند. این مدل سنگهای کلیه به سرعت بزرگ می شوند ولی از جای خود حرکت نمی کنند.
  
  
• سنگ کلیه در اثر مشکلات ژنتیکی: گاهی اوقات سنگ کلیه در اثر اختلال ژنتیکی خاصی به وجود می آید. در این اختلال ژنتیکی، ماده ای به نام «سیستین» بیش از حد معمول از طریق ادرار دفع می شود. در نتیجه دفع سیستین، سنگ سیستینی به وجود می آید.
  
  
• سنگ کلیه در اثر پرکاری غده پاراتیرویید: اگر غده پاراتیرویید بیش از حد فعال باشد، سنگ کلیه به وجود می آید و تنها راه درمان هم جراحی غده پاراتیرویید است.